Однако, за последующие 7 лет бумагами никто не заинтересовался. Кроме того, учреждения Валенсии и официальные лица не предприняли никаких мер, чтобы сохранить архив, распространять и защищать его.
Корни далеко небедного рода Борджиа стоит искать в Арагоне. Но, как бы там ни было вначале, в ходе истории власть семьи укрепилась в Валенсии. Борджиа имели огромное влияние на католическую церковь в XV и XVI веках. Из них вышли два римских папы и несколько десятков кардиналов.
Документы переданного архива хранят свидетельства папского правления Каликста III (Альфонсо ди Борджиа) и Александра VI (Родриго Борджиа).